כדי להפיק חשבונית זיכוי, יש לגשת לתיק המטופל דרך שורת החיפוש למעלה וללחוץ על כספי משמאל (סמל כרטיס האשראי). לחיצה על ⬅ בעמודה זיכוי תאפשר הפקת מסמך זיכוי עבור החשבונית הרלוונטית, לאחר הזנת הפרטים.
במידה וזה הזיכוי הראשון שמופק דרך My-Cliniq, יש להזין מספר התחלתי לסדרת הזיכויים (שהיא סדרה נפרדת מסדרת החשבוניות). מומלץ להיוועץ ברואה חשבון.